04 Oct, 2019, 11:19 PM
Réquiem, ya me pusiste a trabajar;
Entiendo que tus conclusiones sobre las “opiniones” de algunos científicos mencionados son más “filosóficas” que puntuales, ok…no digo que no, y sin embargo firmaron su disidencia de la teoría evolutiva…esto por si solo ¿Qué significa? Pues dentro del “circulo” no se tiene al parecer esa “libertad” de decir; “No, no me lo trago todo.”…
Ahora, sobre tu explosión de estudios lo resumo en estos dos planteamientos; más abajo incluyo al resto;
Sin embargo ¿significa eso que los experimentos realizados en laboratorio que ya están documentados son falsos?
Los estudios que mencionas no logran diferenciar entre una nueva-mutación que permitio adaptarse o no vs una re-activación de genes propios que le permitan o no esa adaptabilidad….
De esos experimentos uno no puede ser escéptico, porque están realizados y documentados.
Volvemos al mismo punto, realizar un estudio “confirmatorio del contexto evolutivo” condiciona la conclusiones finales, así se grabe en piedra…
P.D. No me respondiste: ¿de qué o de quién eres agnóstico?
cierto, Además de lo que diga wiki, es el reconocer que no-se-tiene-el-conocimiento-suficiente, en cualquier tema, aplicado al tema diría que no se tendría el conocimiento-suficiente como para negar ni el diseño-inteligente ni la evolución, entendiendo que dentro de la naturaleza no todo tendría porque tener un “diseño” por ejemplo un paisaje es “accidental” sobre que cada árbol esta o aquella forma o la forma de un rio o o la forma de una montaña, etc., mucho de la “belleza” que percibimos en las cosas son accidentales o efectos de una causa.
En este contexto el diseño-inteligente no podría ser una teoría, sino a lo mucho una hipótesis pues solo tiene la “sospecha” de complejidad y un aparente diseño premeditado…como y porque…eso es algo que la teoría evolutiva si pretende responder….aunque para mí no lo logra.
Evolución experimental de un virus oncolítico: Cuando un virus se somete a presión selectiva por crecimiento continuado en un determinado ambiente, tiende a evolucionar adaptándose a dicho ambiente, pagando por el contrario un coste a la hora de desarrollarse en un ambiente diferente de donde habría evolucionado..()
Adaptabilidad-propia o adaptabilidad-evolutiva…este fragmento no me dice como logran diferenciar entre uno y el otro…
Ensayo de Western blot (la misma tesis, página 73-7Para la determinación de la funcionalidad de la proteína P53 se expusieron las células a radiación ultravioleta (UV) y se detectaron por Western blot tanto la proteína P53 como la expresada por su gen diana, P21. Para ello, se expusieron a una radiación UV de 4J/m2 placas confluentes de células CT-26, 4T1 y Vero durante 0.2, 5 y 10 s, a las 16 h las células se lavaron dos veces son PBS frío y se recogieron en un tampón hipotónico conteniendo (10 mM Tris-HClpH 7.5, 1.5 mM MgCl2, 10 mMKCl, 2 mM DTT, 1 mM Pefabloc, 2 mM sodium vanadate, 4 µg/mL pepstatin, 4 µg/mL leupeptin, and 4 µg/mL aprotinin), la solución se mantuvo 30 min en hielo, posteriormente se centrifugaron y el sobrenadante se alicuotó y conservó a -20ºC. Las proteínas se cuantificaron por el método de Bradford (SigmaAldrich) siguiendo las instrucciones del fabricante. Cantidades idénticas de proteína fueron separadas por electroforesis en un gel de acrilamida desnaturalizante SDS-PAGE y electro-transferidas a una membrana de PDVF. Posteriormente, las membranas se bloquearon 1 h a temperatura ambiente con tampón de bloqueo (PBS 1×, 0.1% Tween 20 y 5% leche desnatada) y pasaron a incubarse 16 h con los anticuerpos anti-P21 (sc-397, Santa Cruz) y anti-P53 (sc-6243, Santa Cruz). Los anticuerpos se diluyeron 1:200 en el mismo tampón de METODOLOGÍA | 60 bloqueo. Transcurrido el tiempo de incubación se lavaron con PBST (PBS1x, 0.1% Tween 20) y se incubaron con el anticuerpo secundario HRP- anti-rabbit antibody (sc-2030, Santa Cruz) durante 1 h diluido 1:10.000. Se lavaron las membranas con PBST y se pasó a su detección con el kit de ECL (Pierce) siguiendo las instrucciones del fabricante. Se usó la gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa GAPDH (sc-32233, Santa Cruz) como control de carga.
Gracias por las negritas pero ¿y?. Cuáles fueron sus conclusiones y en base a que…?
A esto no se le conoce como "adaptarse más o menos", en biología es la transferencia genética horizontal (TGH) o vertical , que en resumidas cuentas es el movimiento de material genético entre organismos unicelulares y/o pluricelulares.
Gracias, pero creo que hablas de dos aspectos distintos, una es la transferencia genética que indicas y otra las propias cualidades genéticas…para lograr adaptarse o no…esa era la cuestión…no lo otro.
Mutagénesis dirigida (de la tesis que veíamos, página 76)La mutagénesis dirigida permite la introducción de mutaciones puntuales, así como la deleción o introducción de nucleótidos en el genoma. Para la realización de esta técnica se diseñan dos cebadores específicos complementarios entre sí y que introducen el cambio a realizar. Posteriormente, se realiza una reacción de amplificación del DNA con Phusion High-Fidelity DNA Polymerase (Thermo Scientific), partiendo de 150 ng del clon infeccioso MARM, donde cada cebador es extendido mediante la incorporación de nucleótidos por la polimerasa hasta completar el plásmido, obteniéndose amplicones completos del DNA. Las condiciones de PCR son 30s a 98ºC 18 ciclos de 10s a 98ºy 8min a 72ºc y10 min 72º de extensión final. Una vez terminado el proceso eliminamos el molde digiriendo con un enzima de restricción (DpnI) que corta sitios GATC metilados y transformamos en Escherichia coli (E.coli), mediante choque térmico (Figura 5). Se verificó la introducción del cambio deseado mediante la secuenciación de tres clones aislados para cada mutagénesis.Selección de mutantes (pág. 87)Está ampliamente demostrado que el crecimiento continuado de un virus en un determinado hospedador produce su adaptación a ese hospedador mediante cambios genotípicos (Buckling et al. 2009)
Ok, pero más allá de mutaciones dirigidas ¿esto Qué prueba?... la evolución o el diseño…A eso me refería cuando la ciencia “cree” que todas las evidencias favorecen el contexto evolutivo-darwuiniano.
Todas estas técnicas utilizadas por los evolucionistas para sus experimentos, apenas son la punta del ICEBERG, en apenas 1 tesis (de las 13 mil y pico), se describen muchísimos métodos más de experimentación con proteínas, virus, bacterias, etc.
No me imagino a un evolucionista concluyendo algo que no confirme su “postura”…¿tu si? Que bueno que experimenten con proteínas, virus y bacterias, pero de eso a “demostrar” la teoría darwuiniana pues…
()….pues la evolución no se basa en opiniones, se basa en métodos…()
Si, en métodos de manipulación de dichos elementos, únicamente .pero de eso a darle el contexto evolutivo pues…
En la presente Tesis Doctoral titulada “Estudio de evolución de proteínas”, hemos utilizado la resurrección de proteínas ancestrales para abordar diferentes estudios de evolución. Por una parte, hemos estudiado las preferencias energéticas de aminoácidos asociadas a sitios específicos mediante un extenso análisis mutacional de proteínas resucitadas en el laboratorio correspondientes a aproximaciones plausibles de secuencias de tiorredoxinas y β-lactamasas del período Precámbrico. Nuestros resultados apoyan que las preferencias energéticas de aminoácidos asociadas a sitios específicos se conservan durante la evolución a pesar de la divergencia que genera la diversidad química en el espacio de secuencias.Para ello, hemos utilizado el gen que codifica para una β-lactamasa ancestral (GNCA) altamente evolucionable y el gen que codifica para la β-lactamasa para generar genotecas mediante técnicas de Biología Molecular, obteniendo genotecas del orden de 10^12 moléculas. Mediante cepas de la colección Keio, hemos llevado a cabo experimentos de complementación al objeto de seleccionar variantes proteicas que puedan conferir funciones metabólicas cruciales en E. coli. Hemos estudiado un total de 25 cepas auxotróficas y, después de verificar los resultados mediante diferentes pruebas para eliminar falsos positivos y secuenciar las variantes, hemos obtenido un total de 11 variantes que rescatan hasta 3 cepas auxotróficas. En concreto, hemos obtenido una variante actual que suprime la auxotrofia de ΔhisI; dos variantes actuales y dos variantes ancestrales que suprimen la auxotrofia de ΔlipA y finalmente, 5 variantes actuales y una ancestral que suprimen la auxotrofia de ΔproB. A priori, los resultados obtenidos a partir de los ensayos de actividad para una de las variantes (ProB-G1) que rescata la cepa ΔproB no muestran actividad γ-glutamil quinasa significativa
El estudio se llama “evolución de proteínas”… sin embargo, dice este fragmento; Nuestros resultados apoyan que las preferencias energéticas de aminoácidos asociadas a sitios específicos se conservan durante la evolución a pesar de la divergencia que genera la diversidad química en el espacio de secuencias.
…o sea que no-evolucionaron dichas preferencias…y tampoco las cepas actuales vs las ancestrales, ambas lograron suprimir la auxotrofia en dichos elementos.
Que es auxotrofia; https://es.wikipedia.org/wiki/Aux%C3%B3trofo
Típicamente, la genética subyacente a una auxotrofia es la carencia de una ruta metabólica funcional que genere la sustancia de la que depende el auxótrofo. Esta carencia suele deberse a una mutación que genera un alelo nulo carente de capacidad biológica Por ejemplo, existen cepas de levaduras empleadas en el laboratorio que, debido a una carencia en una enzima requerida para la síntesis de uracilo, precisan de este en el medio de cultivo para poder crecer.
Ok, la mutación aquí mencionada es en un contexto de perder la facultad de sintetizar algún elemento por la carencia de una enzima. No entiendo en que abona a la evolución el perder enzimas en este caso…para sobrevivir.
Energética, cinética y evolución de proteínas El proyecto de tesis de David Rodriguez Larrea aspira a determinar algunos de los factores que determinan la estabilidad de las proteínas. Asi mismo, se buscarán metodologías que permitan la obtención de proteínas mutantes con una capacidad catalítica mayor y con estabilidades termodinámica y cinetica incrementadas. La determinación de la estabilidad se realizará a través del análisis por Calorimetría Diferencial de Barrido de distintos mutantes elegidos racionalmente. Por tanto se desarrollarán hipótesis de trabajo que sugieran el efecto que determinadas mutaciones pueden tener en la estabilidad de una proteína. Tras su obtención, un minucioso análisis del efecto en la estabilidad permitirá, en principio, indagar sobre la validez de las hipótesis propuestas. Por otro lado, para conseguir los incrementos en estabilidad y actividad se ha optado por realizar un análisis estadístico de bases de datos de secuencias de proteínas.
Insisten en llamar evolucion a cualquier mutacion de la estructura proteica en este caso por medio manipulación de temperaturas…¿evolucion o deformación de proteínas?...
PD. Vaya forma de llamar a las cosas.
Entiendo que tus conclusiones sobre las “opiniones” de algunos científicos mencionados son más “filosóficas” que puntuales, ok…no digo que no, y sin embargo firmaron su disidencia de la teoría evolutiva…esto por si solo ¿Qué significa? Pues dentro del “circulo” no se tiene al parecer esa “libertad” de decir; “No, no me lo trago todo.”…
Ahora, sobre tu explosión de estudios lo resumo en estos dos planteamientos; más abajo incluyo al resto;
Sin embargo ¿significa eso que los experimentos realizados en laboratorio que ya están documentados son falsos?
Los estudios que mencionas no logran diferenciar entre una nueva-mutación que permitio adaptarse o no vs una re-activación de genes propios que le permitan o no esa adaptabilidad….
De esos experimentos uno no puede ser escéptico, porque están realizados y documentados.
Volvemos al mismo punto, realizar un estudio “confirmatorio del contexto evolutivo” condiciona la conclusiones finales, así se grabe en piedra…
P.D. No me respondiste: ¿de qué o de quién eres agnóstico?
cierto, Además de lo que diga wiki, es el reconocer que no-se-tiene-el-conocimiento-suficiente, en cualquier tema, aplicado al tema diría que no se tendría el conocimiento-suficiente como para negar ni el diseño-inteligente ni la evolución, entendiendo que dentro de la naturaleza no todo tendría porque tener un “diseño” por ejemplo un paisaje es “accidental” sobre que cada árbol esta o aquella forma o la forma de un rio o o la forma de una montaña, etc., mucho de la “belleza” que percibimos en las cosas son accidentales o efectos de una causa.
En este contexto el diseño-inteligente no podría ser una teoría, sino a lo mucho una hipótesis pues solo tiene la “sospecha” de complejidad y un aparente diseño premeditado…como y porque…eso es algo que la teoría evolutiva si pretende responder….aunque para mí no lo logra.
Evolución experimental de un virus oncolítico: Cuando un virus se somete a presión selectiva por crecimiento continuado en un determinado ambiente, tiende a evolucionar adaptándose a dicho ambiente, pagando por el contrario un coste a la hora de desarrollarse en un ambiente diferente de donde habría evolucionado..()
Adaptabilidad-propia o adaptabilidad-evolutiva…este fragmento no me dice como logran diferenciar entre uno y el otro…
Ensayo de Western blot (la misma tesis, página 73-7Para la determinación de la funcionalidad de la proteína P53 se expusieron las células a radiación ultravioleta (UV) y se detectaron por Western blot tanto la proteína P53 como la expresada por su gen diana, P21. Para ello, se expusieron a una radiación UV de 4J/m2 placas confluentes de células CT-26, 4T1 y Vero durante 0.2, 5 y 10 s, a las 16 h las células se lavaron dos veces son PBS frío y se recogieron en un tampón hipotónico conteniendo (10 mM Tris-HClpH 7.5, 1.5 mM MgCl2, 10 mMKCl, 2 mM DTT, 1 mM Pefabloc, 2 mM sodium vanadate, 4 µg/mL pepstatin, 4 µg/mL leupeptin, and 4 µg/mL aprotinin), la solución se mantuvo 30 min en hielo, posteriormente se centrifugaron y el sobrenadante se alicuotó y conservó a -20ºC. Las proteínas se cuantificaron por el método de Bradford (SigmaAldrich) siguiendo las instrucciones del fabricante. Cantidades idénticas de proteína fueron separadas por electroforesis en un gel de acrilamida desnaturalizante SDS-PAGE y electro-transferidas a una membrana de PDVF. Posteriormente, las membranas se bloquearon 1 h a temperatura ambiente con tampón de bloqueo (PBS 1×, 0.1% Tween 20 y 5% leche desnatada) y pasaron a incubarse 16 h con los anticuerpos anti-P21 (sc-397, Santa Cruz) y anti-P53 (sc-6243, Santa Cruz). Los anticuerpos se diluyeron 1:200 en el mismo tampón de METODOLOGÍA | 60 bloqueo. Transcurrido el tiempo de incubación se lavaron con PBST (PBS1x, 0.1% Tween 20) y se incubaron con el anticuerpo secundario HRP- anti-rabbit antibody (sc-2030, Santa Cruz) durante 1 h diluido 1:10.000. Se lavaron las membranas con PBST y se pasó a su detección con el kit de ECL (Pierce) siguiendo las instrucciones del fabricante. Se usó la gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa GAPDH (sc-32233, Santa Cruz) como control de carga.
Gracias por las negritas pero ¿y?. Cuáles fueron sus conclusiones y en base a que…?
A esto no se le conoce como "adaptarse más o menos", en biología es la transferencia genética horizontal (TGH) o vertical , que en resumidas cuentas es el movimiento de material genético entre organismos unicelulares y/o pluricelulares.
Gracias, pero creo que hablas de dos aspectos distintos, una es la transferencia genética que indicas y otra las propias cualidades genéticas…para lograr adaptarse o no…esa era la cuestión…no lo otro.
Mutagénesis dirigida (de la tesis que veíamos, página 76)La mutagénesis dirigida permite la introducción de mutaciones puntuales, así como la deleción o introducción de nucleótidos en el genoma. Para la realización de esta técnica se diseñan dos cebadores específicos complementarios entre sí y que introducen el cambio a realizar. Posteriormente, se realiza una reacción de amplificación del DNA con Phusion High-Fidelity DNA Polymerase (Thermo Scientific), partiendo de 150 ng del clon infeccioso MARM, donde cada cebador es extendido mediante la incorporación de nucleótidos por la polimerasa hasta completar el plásmido, obteniéndose amplicones completos del DNA. Las condiciones de PCR son 30s a 98ºC 18 ciclos de 10s a 98ºy 8min a 72ºc y10 min 72º de extensión final. Una vez terminado el proceso eliminamos el molde digiriendo con un enzima de restricción (DpnI) que corta sitios GATC metilados y transformamos en Escherichia coli (E.coli), mediante choque térmico (Figura 5). Se verificó la introducción del cambio deseado mediante la secuenciación de tres clones aislados para cada mutagénesis.Selección de mutantes (pág. 87)Está ampliamente demostrado que el crecimiento continuado de un virus en un determinado hospedador produce su adaptación a ese hospedador mediante cambios genotípicos (Buckling et al. 2009)
Ok, pero más allá de mutaciones dirigidas ¿esto Qué prueba?... la evolución o el diseño…A eso me refería cuando la ciencia “cree” que todas las evidencias favorecen el contexto evolutivo-darwuiniano.
Todas estas técnicas utilizadas por los evolucionistas para sus experimentos, apenas son la punta del ICEBERG, en apenas 1 tesis (de las 13 mil y pico), se describen muchísimos métodos más de experimentación con proteínas, virus, bacterias, etc.
No me imagino a un evolucionista concluyendo algo que no confirme su “postura”…¿tu si? Que bueno que experimenten con proteínas, virus y bacterias, pero de eso a “demostrar” la teoría darwuiniana pues…
()….pues la evolución no se basa en opiniones, se basa en métodos…()
Si, en métodos de manipulación de dichos elementos, únicamente .pero de eso a darle el contexto evolutivo pues…
En la presente Tesis Doctoral titulada “Estudio de evolución de proteínas”, hemos utilizado la resurrección de proteínas ancestrales para abordar diferentes estudios de evolución. Por una parte, hemos estudiado las preferencias energéticas de aminoácidos asociadas a sitios específicos mediante un extenso análisis mutacional de proteínas resucitadas en el laboratorio correspondientes a aproximaciones plausibles de secuencias de tiorredoxinas y β-lactamasas del período Precámbrico. Nuestros resultados apoyan que las preferencias energéticas de aminoácidos asociadas a sitios específicos se conservan durante la evolución a pesar de la divergencia que genera la diversidad química en el espacio de secuencias.Para ello, hemos utilizado el gen que codifica para una β-lactamasa ancestral (GNCA) altamente evolucionable y el gen que codifica para la β-lactamasa para generar genotecas mediante técnicas de Biología Molecular, obteniendo genotecas del orden de 10^12 moléculas. Mediante cepas de la colección Keio, hemos llevado a cabo experimentos de complementación al objeto de seleccionar variantes proteicas que puedan conferir funciones metabólicas cruciales en E. coli. Hemos estudiado un total de 25 cepas auxotróficas y, después de verificar los resultados mediante diferentes pruebas para eliminar falsos positivos y secuenciar las variantes, hemos obtenido un total de 11 variantes que rescatan hasta 3 cepas auxotróficas. En concreto, hemos obtenido una variante actual que suprime la auxotrofia de ΔhisI; dos variantes actuales y dos variantes ancestrales que suprimen la auxotrofia de ΔlipA y finalmente, 5 variantes actuales y una ancestral que suprimen la auxotrofia de ΔproB. A priori, los resultados obtenidos a partir de los ensayos de actividad para una de las variantes (ProB-G1) que rescata la cepa ΔproB no muestran actividad γ-glutamil quinasa significativa
El estudio se llama “evolución de proteínas”… sin embargo, dice este fragmento; Nuestros resultados apoyan que las preferencias energéticas de aminoácidos asociadas a sitios específicos se conservan durante la evolución a pesar de la divergencia que genera la diversidad química en el espacio de secuencias.
…o sea que no-evolucionaron dichas preferencias…y tampoco las cepas actuales vs las ancestrales, ambas lograron suprimir la auxotrofia en dichos elementos.
Que es auxotrofia; https://es.wikipedia.org/wiki/Aux%C3%B3trofo
Típicamente, la genética subyacente a una auxotrofia es la carencia de una ruta metabólica funcional que genere la sustancia de la que depende el auxótrofo. Esta carencia suele deberse a una mutación que genera un alelo nulo carente de capacidad biológica Por ejemplo, existen cepas de levaduras empleadas en el laboratorio que, debido a una carencia en una enzima requerida para la síntesis de uracilo, precisan de este en el medio de cultivo para poder crecer.
Ok, la mutación aquí mencionada es en un contexto de perder la facultad de sintetizar algún elemento por la carencia de una enzima. No entiendo en que abona a la evolución el perder enzimas en este caso…para sobrevivir.
Energética, cinética y evolución de proteínas El proyecto de tesis de David Rodriguez Larrea aspira a determinar algunos de los factores que determinan la estabilidad de las proteínas. Asi mismo, se buscarán metodologías que permitan la obtención de proteínas mutantes con una capacidad catalítica mayor y con estabilidades termodinámica y cinetica incrementadas. La determinación de la estabilidad se realizará a través del análisis por Calorimetría Diferencial de Barrido de distintos mutantes elegidos racionalmente. Por tanto se desarrollarán hipótesis de trabajo que sugieran el efecto que determinadas mutaciones pueden tener en la estabilidad de una proteína. Tras su obtención, un minucioso análisis del efecto en la estabilidad permitirá, en principio, indagar sobre la validez de las hipótesis propuestas. Por otro lado, para conseguir los incrementos en estabilidad y actividad se ha optado por realizar un análisis estadístico de bases de datos de secuencias de proteínas.
Insisten en llamar evolucion a cualquier mutacion de la estructura proteica en este caso por medio manipulación de temperaturas…¿evolucion o deformación de proteínas?...
PD. Vaya forma de llamar a las cosas.
